The era of reference genomes in conservation genomics

Formenti, G.; Theissinger, K.; Fernandes, C.; Bista, I.; Bombarely, A.; Bleidorn, C.; Ciofi, C.; Crottini, A.; Godoy, J.A.; Höglund, J.; Malukiewicz, J.; Mouton, A.; Oomen, R.A.; Paez, S.; Palsbøll, P.J.; Pampoulie, C.; Ruiz-López, M.J.; Svardal, H.; Theofanopoulou, C.; de Vries, J.; Waldvogel, A.; Zhang, G.; Mazzoni, C.J.; Jarvis, E.D.; Bálint, M.; Formenti, G.; Theissinger, K.; Fernandes, C.; Bista, I.; Bombarely, A.; Bleidorn, C.; Čiampor, F.; Ciofi, C.; Crottini, A.; Godoy, J.A.; Hoglund, J.; Malukiewicz, J.; Mouton, A.; Oomen, R.A.; Paez, S.; Palsbøll, P.; Pampoulie, C.; Ruiz-López, M.J.; Svardal, H.; Theofanopoulou, C.; de Vries, J.; Waldvogel, A.; Zhang, G.; Mazzoni, C.J.; Jarvis, E.; Bálint, M.; Aghayan, S.A.; Alioto, T.S.; Almudi, I.; Alvarez, N.; Alves, P.C.; Amorim, I.R.; Antunes, A.; Arribas, P.; Baldrian, P.; Berg, P.R.; Bertorelle, G.; Böhne, A.; Bonisoli-Alquati, A.; Boštjančić, L.L.; Boussau, B.; Breton, C.M.; Buzan, E.; Campos, P.F.; Carreras, C.; Castro, L.F.; Chueca, L.J.; Conti, E.; Cook-Deegan, R.; Croll, D.; Cunha, M.V.; Delsuc, F.; Dennis, A.B.; Dimitrov, D.; Faria, R.; Favre, A.; Fedrigo, O.D.; Fernández, R.; Ficetola, G.F.; Flot, J.; Gabaldón, T.; Galea Agius, D.R.; Gallo, G.R.; Giani, A.M.; Gilbert, M.T.P.; Grebenc, T.; Guschanski, K.; Guyot, R.; Hausdorf, B.; Hawlitschek, O.; Heintzman, P.D.; Heinze, B.; Hiller, M.; Husemann, M.; Iannucci, A.; Irisarri, I.; Jakobsen, K.S.; Jentoft, S.; Klinga, P.; Kloch, A.; Kratochwil, C.F.; Kusche, H.; Layton, K.K.S.; Leonard, J.A.; Lerat, E.; Liti, G.; Manousaki, T.; Marques-Bonet, T.; Matos-Maraví, P.; Matschiner, M.; Maumus, F.; Mc Cartney, A.M.; Meiri, S.; Melo-Ferreira, J.; Mengual, X.; Monaghan, M.T.; Montagna, M.; Mysłajek, R.W.; Neiber, M.T.; Nicolas, V.; Novo, M.; Ozretić, P.; Palero, F.; Pârvulescu, L.; Pascual, M.; Paulo, O.S.; Pavlek, M.; Pegueroles, C.; Pellissier, L.; Pesole, G.; Primmer, C.R.; Riesgo, A.; Rüber, L.; Rubolini, D.; Salvi, D.; Seehausen, O.; Seidel, M.; Secomandi, S.; Studer, B.; Theodoridis, S.; Thines, M.; Urban, L.; Vasemägi, A.; Vella, A.; Vella, N.; Vernes, S.C.; Vernesi, C.; Vieites, D.R.; Waterhouse, R.M.; Wheat, C.W.; Wörheide, G.; Wurm, Y.; Zammit, G.

doi:10.1016/j.tree.2021.11.008

Progress in genome sequencing now enables the large-scale generation of reference genomes. Various international initiatives aim to generate reference genomes representing global biodiversity. These genomes provide unique insights into genomic diversity and architecture, thereby enabling comprehensive analyses of population and functional genomics, and are expected to revolutionize conservation genomics

Formenti, G.; Theissinger, K.; Fernandes, C.; Bista, I.; Bombarely, A.; Bleidorn, C.; Ciofi, C.; Crottini, A.; Godoy, J.A.; Höglund, J.; Malukiewicz, J.; Mouton, A.; Oomen, R.A.; Paez, S.; Palsbøll, P.J.; Pampoulie, C.; Ruiz-López, M.J.; Svardal, H.; Theofanopoulou, C.; de Vries, J.; Waldvogel, A.; Zhang, G.; Mazzoni, C.J.; Jarvis, E.D.; Bálint, M.; Formenti, G.; Theissinger, K.; Fernandes, C.; Bista, I.; Bombarely, A.; Bleidorn, C.; Čiampor, F.; Ciofi, C.; Crottini, A.; Godoy, J.A.; Hoglund, J.; Malukiewicz, J.; Mouton, A.; Oomen, R.A.; Paez, S.; Palsbøll, P.; Pampoulie, C.; Ruiz-López, M.J.; Svardal, H.; Theofanopoulou, C.; de Vries, J.; Waldvogel, A.; Zhang, G.; Mazzoni, C.J.; Jarvis, E.; Bálint, M.; Aghayan, S.A.; Alioto, T.S.; Almudi, I.; Alvarez, N.; Alves, P.C.; Amorim, I.R.; Antunes, A.; Arribas, P.; Baldrian, P.; Berg, P.R.; Bertorelle, G.; Böhne, A.; Bonisoli-Alquati, A.; Boštjančić, L.L.; Boussau, B.; Breton, C.M.; Buzan, E.; Campos, P.F.; Carreras, C.; Castro, L.F.; Chueca, L.J.; Conti, E.; Cook-Deegan, R.; Croll, D.; Cunha, M.V.; Delsuc, F.; Dennis, A.B.; Dimitrov, D.; Faria, R.; Favre, A.; Fedrigo, O.D.; Fernández, R.; Ficetola, G.F.; Flot, J.; Gabaldón, T.; Galea Agius, D.R.; Gallo, G.R.; Giani, A.M.; Gilbert, M.T.P.; Grebenc, T.; Guschanski, K.; Guyot, R.; Hausdorf, B.; Hawlitschek, O.; Heintzman, P.D.; Heinze, B.; Hiller, M.; Husemann, M.; Iannucci, A.; Irisarri, I.; Jakobsen, K.S.; Jentoft, S.; Klinga, P.; Kloch, A.; Kratochwil, C.F.; Kusche, H.; Layton, K.K.S.; Leonard, J.A.; Lerat, E.; Liti, G.; Manousaki, T.; Marques-Bonet, T.; Matos-Maraví, P.; Matschiner, M.; Maumus, F.; Mc Cartney, A.M.; Meiri, S.; Melo-Ferreira, J.; Mengual, X.; Monaghan, M.T.; Montagna, M.; Mysłajek, R.W.; Neiber, M.T.; Nicolas, V.; Novo, M.; Ozretić, P.; Palero, F.; Pârvulescu, L.; Pascual, M.; Paulo, O.S.; Pavlek, M.; Pegueroles, C.; Pellissier, L.; Pesole, G.; Primmer, C.R.; Riesgo, A.; Rüber, L.; Rubolini, D.; Salvi, D.; Seehausen, O.; Seidel, M.; Secomandi, S.; Studer, B.; Theodoridis, S.; Thines, M.; Urban, L.; Vasemägi, A.; Vella, A.; Vella, N.; Vernes, S.C.; Vernesi, C.; Vieites, D.R.; Waterhouse, R.M.; Wheat, C.W.; Wörheide, G.; Wurm, Y.; Zammit, G. (2022). The era of reference genomes in conservation genomics. TRENDS IN ECOLOGY & EVOLUTION, 37 (3): 197-202. doi: 10.1016/j.tree.2021.11.008 handle: http://hdl.handle.net/10449/72316