Écologie fonctionnelle des interactions vigne - communauté microbienne épiphyte dans un contexte de lutte biologique

La culture de la vigne (Vitis vinifera) couvre plus de 7 Mha dans le monde, impliquant l’utilisation massive de phytosanitaires chimiques pour éviter les pertes de qualité et de rendement dues aux pathogènes et parasites. La lutte biologique est une stratégie alternative aux traitements chimiques à fort impact environnemental, qui consiste à (ré)introduire des organismes auxiliaires dans les écosystèmes viticoles pour limiter les populations de parasites, entrer en compétitions avec les pathogènes, voire renforcer les défenses naturelles de la plante. Les communautés microbiennes épiphytes des feuilles de vigne peuvent être un réservoir de micro-organismes auxiliaires naturels pour contrôler les agents pathogènes (1, 2) ; nous avons choisi d’étudier au niveau moléculaire les interactions fonctionnelles au sein d’une communauté microbienne épiphyte modèle combinant des microorganismes naturellement présents sur les feuilles de vigne. Un postulat de la recherche en écologie microbienne appliquée à la lutte microbiologique est la stabilisation et/ou l’amélioration de l’efficacité protectrice par la combinaison de plusieurs souches ou espèces auxiliaires (3, 4). Nos premières expériences contre les principaux agents pathogènes de la vigne (Plasmopara viticola, Botrytis cinerea, Erysiphe necator) montrent en effet une complémentarité des mécanismes de bio-contrôle au sein d’une communauté de Bacillus subtilis, Metschnikowia viticola et Trichoderma atroviride. Nous souhaitons comprendre au niveau moléculaire les processus de synergie/additivité des mécanismes de bio contrôle de chaque composant. Par une approche de métatranscriptomique, nous souhaitons étudier la modulation de gènes-clés en conditions de bio-contrôle, pour les souches étudiées seules ou en communauté, et examiner leur complémentarité. Cette démarche nous permettra également de sélectionner a posteriori des gènes caractéristiques d’activité de bio-contrôle, qui seront utilisés comme marqueurs moléculaires pour le suivi fonctionnel de communautés soumises à des stress abiotiques liés au changement climatique et aux pratiques culturales. Notre étude de l’écologie fonctionnelle des micro-organismes épiphytes de la vigne pourrait mener à l’identification de facteurs déterminants pour une efficacité stabilisée et accrue des agents de bio contrôle en viticulture, et le renforcement des communautés microbiennes naturelles auxiliaires.