Struttura genetica della trota fario (S. ghigii Pomini, 1941): nuove evidenze dalle popolazioni native sarde e peninsulari tramite approccio genomico (GBS)

La storia evolutiva della trota fario nell’area mediterranea è stata profondamente influenzata dalle fasi glaciali-interglaciali del Quaternario e dagli eventi correlati di estinzione locale e ricolonizzazione. A seguito dell'isolamento prolungato, le isole mediterranee, tra cui la Sardegna, rappresentano importanti hotspot di diversità. Un recente studio filogenetico del genere Salmo basato sull'intero genoma (SEGHERLOO et al., 2021) suggeriva che le trote sarde potrebbero rappresentare una specie distinta. L’analisi, tuttavia, includeva solo pochi individui da una singola popolazione, potenzialmente sottostimando la variabilità genetica insulare. Infatti, analisi molecolari tradizionali (SPLENDIANI et al., 2023) hanno rivelato una forte differenziazione tra le popolazioni selvatiche native sarde, identificando anche un nuovo sotto-lignaggio mitocondriale (mtDNA Corso-Sardo) endemico di Corsica e Sardegna. L'approccio genomico di genotipizzazione tramite sequenziamento (GBS) è stato applicato per indagare la struttura genetica in 130 individui provenienti da 9 popolazioni di trota native dell’area mediterranea (5 peninsulari e 4 sarde). I campioni sono stati selezionati includendo solo popolazioni non introgresse con S. trutta atlantica domestica, per evitare il potenziale effetto di omogeneizzazione e rappresentare al meglio la diversità genetica originaria delle popolazioni italiane di trota fario riferibili a Salmo ghigii. I valori di differenziazione genetica tra singole popolazioni (Pairwise FST) risultavano elevati e significativi. La più elevata differenziazione genetica è stata osservata tra le popolazioni peninsulari e quelle sarde. I risultati delle analisi di struttura genetica (STRUCTURE, PCA, DAPC) e di delimitazione di specie tramite l’utilizzo di algoritmi di Unsupervised Machine Learning (UML) (Random Forest, RF, e t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding, t-SNE) hanno identificato ogni popolazione come un cluster genetico distinto, confermando l’elevata differenziazione genetica tra le singole popolazioni native analizzate. Sulla base delle evidenze ottenute, le pratiche gestionali e di conservazione di questa specie dovrebbero essere realizzate considerando ogni singola popolazione come un’unità gestionale indipendente. La tutela di tale diversità è fondamentale per garantire la persistenza nei bacini idrici italiani della trota nativa, già gravemente a rischio a causa di numerosi impatti antropici e dei drastici cambiamenti nelle condizioni climatiche.