Projet MAZE.ROE: étude du microbiote intestinal et du régime alimentaire du chevreuil (Capreolus capreolus) dans les Alpes Italiennes

Les populations du chevreuil (Capreolus capreolus) en Italie sont en expansion dépuis 30 ans (Carnevali et al. 2009). Cette espèce est impliquée dans les cycles de transmission de plusieurs maladie infectieuses et parasitaires, y compris des zoonoses (Carpi et al. 2009, Solarczyk et al. 2012); de toutes façons, le role de cette espèce comme reservoir de pathogènes intestinals n'a pas été investigué jusqu'au présent. Parallelement, son impact écologique sur la végétation er son régime alimentaire, consideré comme un proxy de son état de santé, reste largement inconnu. Le projet MAZE.ROE, financé par le Ministère de la Santé, se propose donc d'étudier la communauté bactérienne (microbiote) et le régime alimentaire du chevreuil dans le Alpes Italiennes à travers d'un approche métataxonomique couplé au séquençage haut débit (NGS). Les barcodes choisis pour l'identification d'espèces bacteriennes et des plantes vasculaires correspondent respectivement à la région V3-V4 du gène 16S rRNA et à l'intron trnL(UAA) de l'ADN chloroplastique. Un ensemble de 384 échantillons fécales ont été collectés en 2013-2014 dans le régions Trentino et Vallé d'Aoste et sont en cours d'analyse.