Identificazione di specie di Armillaria con tecnica PCR-DGGE

Il genere Armillaria (Fr.) Staude è composto da oltre 40 specie, delle quale sette [Armillaria mellea (Vahl) P. Kumm., Armillaria ostoyae (Romang.) Henrik, Armillaria cepistipes Velen., Armillaria gallica Marxm. & Romagn., Armillaria tabescens (Scop.) Emel), Armillaria borealis Marxm. & Korhonen e Armillaria ectypa (Fr.) Lamoure] sono presenti in Europa. Tra queste, A. ectypa non è stata ancora segnalata per l’Italia. L’identificazione tassonomica basata su caratteri morfologici non permette una chiara distinzione tra le specie di Armillaria. Negli ultimi anni, altre tecniche basate sull’analisi del DNA con l'uso di primers specie-specifici sono state affiancate per garantire un’identificazione più rapida e attendibile. La DGGE (Denaturing Gel Gradient Elletrophoresis) è una tecnica molecolare di separazione di sequenze nucleotidiche, molto utilizzata per la determinazione della diversità genetica e per l’identificazione e la tipizzazione di forme microbiche. In questo studio è stata valutata la sensibilità del metodo PCR-DGGE nel distinguere le specie di Armillaria che si raccolgono in Italia. Gli isolati di Armillaria utilizzati sono stati previamente identificati su base molecolare. Per le analisi DGGE, il DNA degli isolati è stato direttamente estratto e amplificato utilizzando il primer forward ITS3, con le code arricchite in basi GC (40bp GC-clamp) all’estremo 5’, e il primer reverse ITS4. Il profilo ottenuto è stato analizzato con l’ausilio di metodi di clusterizzazione UPGMA (Unweighted Pair Group Method With Arithmetic Averages), con lo scopo di giungere all’identificazione degli isolati a livello specifico. La migrazione delle bande di ogni specie di Armillaria ha permesso di distinguere tra gli isolati appartenenti alle sei diverse specie testate