FONTANA, PAOLO

FONTANA, PAOLO  

CRI [2022-01 - today]: COMPUTATIONAL BIOLOGY  

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Data di pubblicazione Titolo Autore(i) Tipo File
1-gen-2024 Haplotype-Resolved genome assembly of the Microvine Talbot, S.; Carrell, S.; Kronmiller, B.; Gouthu, S.; Bianco, L.; Fontana, P.; Malnoy, M.; Deluc, L. -
1-gen-2024 Digitalization and valorization of the genotypic and phenotypic information retained within the FEM grapevine germplasm Bettinelli, P.; Nicolini, D.; Betta, G.; Migliaro, D.; Costantini, L.; de Oliveira, G.L.; Clementi, S.; Zulini, L.; Fontana, P.; Bianco, L.; Stefanini, M.; Micheletti, D.; Vezzulli, S. -
1-gen-2023 Black rot resistance of grapevine: from organ-specific QTL mapping to the sequencing of the donor towards candidate gene identification Bettinelli, P.; Bianco, L.; Fontana, P.; Moser, M.; Pindo, M.; Nicolini, D.; Costantini, L.; Stefanini, M.; Hausmann, L.; Vezzulli, S. -
6-set-2023 FunTaxIS-lite: a simple and light solution to investigate protein functions in all living organisms Bianca, F.; Ispano, E.; Gazzola, E.; Lavezzo, E.; Fontana, P.; Toppo, S. -
1-gen-2022 FEMVitisDB: a FAIR data management system for data integration in grapevine Vezzulli, S.; Bianco, L.; Nicolini, D.; Betta, G.; Dorigatti, C.; Zulini, L.; Donati, C.; Costantini, L.; Stefanini, M.; Fontana, P.; Micheletti, D. -
1-gen-2022 Auxin is part of the regulatory circuit that sustains the ripening initiation in apple fruit Busatto, N.; Moretto, M.; Farneti, B.; Populin, F.; Vrhovsek, U.; Commisso, M.; Sonego, P.; Biasioli, F.; Guzzo, F.; Fontana, P.; Costa, F. -
1-gen-2022 Rapid SARS-CoV-2 intra-host and within-household emergence of novel haplotypes Manuto, L.; Grazioli, M.; Spitaleri, A.; Fontana, P.; Bianco, L.; Bertolotti, L.; Bado, M.; Mazzotti, G.; Bianca, F.; Onelia, F.; Lorenzin, G.; Simeoni, F.; Lazarevic, D.; Franchin, E.; Vecchio, C.D.; Dorigatti, I.; Tonon, G.; Cirillo, D.M.; Lavezzo, E.; Crisanti, A.; Toppo, S. Articolo in rivista
1-gen-2022 On the origin and propagation of the COVID-19 outbreak in the Italian Province of Trento, a tourist region of Northern Italy Bianco, L.; Moser, M.; Silverj, A.; Micheletti, D.; Lorenzin, G.; Collini, L.; Barbareschi, M.; Lanzafame, P.; Segata, N.; Pindo, M.; Franceschi, P.; Rota-Stabelli, O.; Rizzoli, A.; Fontana, P.; Donati, C. Articolo in rivista
1-gen-2021 Ethylene-auxin crosstalk regulates postharvest fruit ripening process in apple Busatto, N.; Tadiello, A.; Moretto, M.; Farneti, B.; Populin, F.; Vrhovsek, U.; Commisso, M.; Sartori, E.; Sonego, P.; Biasioli, F.; Costa, G.; Guzzo, F.; Fontana, P.; Engelen, K.; Costa, F. Articolo in rivista
1-gen-2019 Comparative genome analysis of Lactococcus lactis isolated from Trentino cheese and environment adaptation Franciosi, E.; Sonego, P.; Fontana, P.; Cestaro, A.; Donati, C.; Tuohy, K. Abstract in Atti di convegno
1-gen-2019 The CAFA challenge reports improved protein function prediction and new functional annotations for hundreds of genes through experimental screens Zhou, N.; Jiang, Y.; Bergquist, T.R.; Lee, A.J.; Kacsoh, B.Z.; Crocker, A.W.; Lewis, K.A.; Georghiou, G.; Nguyen, H.N.; Hamid, M.N.; Davis, L.; Dogan, T.; Atalay, V.; Rifaioglu, A.S.; Dalkıran, A.; Cetin Atalay, R.; Zhang, C.; Hurto, R.L.; Freddolino, P.L.; Zhang, Y.; Bhat, P.; Supek, F.; Fernández, J.M.; Gemovic, B.; Perovic, V.R.; Davidović, R.S.; Sumonja, N.; Veljkovic, N.; Asgari, E.; Mofrad, M.R.K.; Profiti, G.; Savojardo, C.; Martelli, P.L.; Casadio, R.; Boecker, F.; Schoof, H.; Kahanda, I.; Thurlby, N.; Mchardy, A.C.; Renaux, A.; Saidi, R.; Gough, J.; Freitas, A.A.; Antczak, M.; Fabris, F.; Wass, M.N.; Hou, J.; Cheng, J.; Wang, Z.; Romero, A.E.; Paccanaro, A.; Yang, H.; Goldberg, T.; Zhao, C.; Holm, L.; Törönen, P.; Medlar, A.J.; Zosa, E.; Borukhov, I.; Novikov, I.; Wilkins, A.; Lichtarge, O.; Chi, P.; Tseng, W.; Linial, M.; Rose, P.W.; Dessimoz, C.; Vidulin, V.; Dzeroski, S.; Sillitoe, I.; Das, S.; Lees, J.G.; Jones, D.T.; Wan, C.; Cozzetto, D.; Fa, R.; Torres, M.; Warwick Vesztrocy, A.; Rodriguez, J.M.; Tress, M.L.; Frasca, M.; Notaro, M.; Grossi, G.; Petrini, A.; Re, M.; Valentini, G.; Mesiti, M.; Roche, D.B.; Reeb, J.; Ritchie, D.W.; Aridhi, S.; Alborzi, S.Z.; Devignes, M.; Koo, D.C.E.; Bonneau, R.; Gligorijević, V.; Barot, M.; Fang, H.; Toppo, S.; Lavezzo, E.; Falda, M.; Berselli, M.; Tosatto, S.C.E.; Carraro, M.; Piovesan, D.; Ur Rehman, H.; Mao, Q.; Zhang, S.; Vucetic, S.; Black, G.S.; Jo, D.; Suh, E.; Dayton, J.B.; Larsen, D.J.; Omdahl, A.R.; Mcguffin, L.J.; Brackenridge, D.A.; Babbitt, P.C.; Yunes, J.M.; Fontana, P.; Zhang, F.; Zhu, S.; You, R.; Zhang, Z.; Dai, S.; Yao, S.; Tian, W.; Cao, R.; Chandler, C.; Amezola, M.; Johnson, D.; Chang, J.; Liao, W.; Liu, Y.; Pascarelli, S.; Frank, Y.; Hoehndorf, R.; Kulmanov, M.; Boudellioua, I.; Politano, G.; Di Carlo, S.; Benso, A.; Hakala, K.; Ginter, F.; Mehryary, F.; Kaewphan, S.; Björne, J.; Moen, H.; Tolvanen, M.E.E.; Salakoski, T.; Kihara, D.; Jain, A.; Šmuc, T.; Altenhoff, A.; Ben-Hur, A.; Rost, B.; Brenner, S.E.; Orengo, C.A.; Jeffery, C.J.; Bosco, G.; Hogan, D.A.; Martin, M.J.; O'Donovan, C.; Mooney, S.D.; Greene, C.S.; Radivojac, P.; Friedberg, I. Articolo in rivista
1-gen-2018 Transcriptome and cell physiological analyses in different rice cultivars provide novel insights into adaptive and salinity stress responses Formentin, E.; Sudiro, C.; Perin, G.; Riccadonna, S.; Barizza, E.; Baldoni, E.; Lavezzo, E.; Stevanato, P.; Sacchi, G.A.; Fontana, P.; Toppo, S.; Morosinotto, T.; Zottini, M.; Lo Schiavo, F. Articolo in rivista
1-gen-2017 Pathway Inspector: a pathway based web application for RNAseq analysis of model and non-model organisms Bianco, L.; Riccadonna, S.; Lavezzo, E.; Falda, M.; Formentin, E.; Cavalieri, D.; Toppo, S.; Fontana, P. Articolo in rivista
1-gen-2016 Enhancing protein function prediction with taxonomic constraints: the Argot2.5 web server Lavezzo, E.; Falda, M.; Fontana, P.; Bianco, L.; Toppo, S. Articolo in rivista
1-gen-2016 An expanded evaluation of protein function prediction methods shows an improvement in accuracy Jiang, Y.; Oron, T.R.; Clark, W.T.; Bankapur, A.R.; D'Andrea, D.; Lepore, R.; Funk, C.S.; Kahanda, I.; Verspoor, K.M.; Ben Hur, A.; Koo, D.C.E.; Penfold Brown, D.; Shasha, D.; Youngs, N.; Bonneau, R.; Lin, A.; Sahraeian, S.M.E.; Martelli, P.L.; Profiti, G.; Casadio, R.; Cao, R.; Zhong, Z.; Cheng, J.; Altenhoff, A.; Skunca, N.; Dessimoz, C.; Dogan, T.; Hakala, K.; Kaewphan, S.; Mehryary, F.; Salakoski, T.; Ginter, F.; Fang, H.; Smithers, B.; Oates, M.; Gough, J.; Törönen, P.; Koskinen, P.; Holm, L.; Chen, C.; Hsu, W.; Bryson, K.; Cozzetto, D.; Minneci, F.; Jones, D.T.; Chapman, S.; Bkc, D.; Khan, I.K.; Kihara, D.; Ofer, D.; Rappoport, N.; Stern, A.; Cibrian Uhalte, E.; Denny, P.; Foulger, R.E.; Hieta, R.; Legge, D.; Lovering, R.C.; Magrane, M.; Melidoni, A.N.; Mutowo Meullenet, P.; Pichler, K.; Shypitsyna, A.; Li, B.; Zakeri, P.; Elshal, S.; Tranchevent, L.; Das, S.; Dawson, N.L.; Lee, D.; Lees, J.G.; Sillitoe, I.; Bhat, P.; Nepusz, T.; Romero, A.E.; Sasidharan, R.; Yang, H.; Paccanaro, A.; Gillis, J.; Sedeño Cortés, A.E.; Pavlidis, P.; Feng, S.; Cejuela, J.M.; Goldberg, T.; Hamp, T.; Richter, L.; Salamov, A.; Gabaldon, T.; Marcet Houben, M.; Supek, F.; Gong, Q.; Ning, W.; Zhou, Y.; Tian, W.; Falda, M.; Fontana, P.; Lavezzo, E.; Toppo, S.; Ferrari, C.; Giollo, M.; Piovesan, D.; Tosatto, S.C.E.; Del Pozo, A.; Fernández, J.M.; Maietta, P.; Valencia, A.; Tress, M.L.; Benso, A.; Di Carlo, S.; Politano, G.; Savino, A.; Rehman, H.U.; Re, M.; Mesiti, M.; Valentini, G.; Bargsten, J.W.; van Dijk, A.D.J.; Gemovic, B.; Glisic, S.; Perovic, V.; Veljkovic, V.; Veljkovic, N.; Almeida E. Silva, D.C.; Vencio, R.Z.N.; Sharan, M.; Vogel, J.; Kansakar, L.; Zhang, S.; Vucetic, S.; Wang, Z.; Sternberg, M.J.E.; Wass, M.N.; Huntley, R.P.; Martin, M.J.; O'Donovan, C.; Robinson, P.N.; Moreau, Y.; Tramontano, A.; Babbitt, P.C.; Brenner, S.E.; Linial, M.; Orengo, C.A.; Rost, B.; Greene, C.S.; Mooney, S.D.; Friedberg, I.; Radivojac, P. Articolo in rivista
1-gen-2015 Identification of low temperature stress regulated transcript sequences and gene families in Italian cypress La Porta, N.; Sablok, G.; Emiliani, G.; Hietala, A.M.; Giovannelli, A.; Fontana, P.; Potenza, E.; Baldi, P. Articolo in rivista
1-gen-2015 MICCA: a complete and accurate software for taxonomic profiling of metagenomic data Albanese, D.; Fontana, P.; De Filippo, C.; Cavalieri, D.; Donati, C. Articolo in rivista
1-gen-2014 keeSeek: searching distant non-existing words in genomes for PCR-based applications Falda, M.; Fontana, P.; Barzon, L.; Toppo, S.; Lavezzo, E. Articolo in rivista
1-gen-2014 The draft genome sequence of European pear (Pyrus communis L. ‘Bartlett’) Chagné, D.; Crowhurs, R.N.; Pindo, M.; Thrimawithana, A.; Deng, C.; Ireland, H.; Fiers, M.; Dzierzon, H.; Cestaro, A.; Fontana, P.; Bianco, L.; Lu, A.; Storey, R.; Knäbel, M.; Saeed, M.; Montanari, S.; Kyeong Kim, Y.; Nicolini, D.; Larger, S.; Stefani, E.; Allan, A.C.; Bowen, J.; Harvey, I.; Johnston, J.; Malnoy, M.A.; Troggio, M.; Perchepied, L.; Sawyer, G.; Wiedow, C.; Won, K.; Viola, R.; Hellens, R.P.; Brewer, L.; Bus, V.G.M.; Schaffer, R.J.; Gardiner, S.E.; Velasco, R. Articolo in rivista
1-gen-2014 Characterization of Resistance Gene Analogues (RGAs) in apple (Malus x domestica Borkh.) and their evolutionary history of the Rosaceae family Perazzolli, M.; Malacarne, G.; Baldo, A.; Righetti, L.; Bailey, A.G.; Fontana, P.; Velasco, R.; Malnoy, M.A. Articolo in rivista