Sfoglia per Autore Segata, Nicola
MetaPhlAn2 for enhanced metagenomic taxonomic profiling
2015-01-01 Truong, D.T.; Franzosa, E.A.; Tickle, T.L.; Scholz, M.; Weingart, G.; Pasolli, E.; Tett, A.; Huttenhower, C.; Segata, N.
Metagenomic Sequencing with Strain-Level Resolution Implicates Uropathogenic E. coli in Necrotizing Enterocolitis and Mortality in Preterm Infants
2016-01-01 Ward, D.V.; Scholz, M.; Zolfo, M.; Taft, D.H.; Schibler, K.R.; Tett, A.; Segata, N.; Morrow, A.L.
Strain-level microbial epidemiology and population genomics from shotgun metagenomics
2016-01-01 Scholz, M.; Ward, D.V.; Pasolli, E.; Tolio, T.; Zolfo, M.; Asnicar, F.; Truong, D.T.; Tett, A.; Morrow, A.L.; Segata, N.
Draft genome sequences of novel Pseudomonas, Flavobacterium, and Sediminibacterium species strains from a freshwater ecosystem
2018-01-01 Pinto, F.; Tett, A.; Armanini, F.; Asnicar, F.; Boscaini, A.; Pasolli, E.; Zolfo, M.; Donati, C.; Salmaso, N.; Segata, N.
The Prevotella copri complex comprises four distinct clades underrepresented in westernized populations
2019-01-01 Tett, A.; Huang, K.; Asnicar, F.; Fehlner-Peach, H.; Pasolli, E.; Karcher, N.; Armanini, F.; Manghi, P.; Bonham, K.; Zolfo, M.; De Filippis, F.; Magnabosco, C.; Bonneau, R.; Lusingu, J.; Amuasi, J.; Reinhard, K.; Rattei, T.; Boulund, F.; Engstrand, L.; Zink, A.; Collado, M.C.; Littman, D.R.; Eibach, D.; Ercolini, D.; Rota-Stabelli, O.; Huttenhower, C.; Maixner, F.; Segata, N.
Reconstruction of ancient microbial genomes from the human gut
2021-01-01 Wibowo, M.C.; Yang, Z.; Borry, M.; Hübner, A.; Huang, K.D.; Tierney, B.T.; Zimmerman, S.; Barajas-Olmos, F.; Contreras-Cubas, C.; García-Ortiz, H.; Martínez-Hernández, A.; Luber, J.M.; Kirstahler, P.; Blohm, T.; Smiley, F.E.; Arnold, R.; Ballal, S.A.; Pamp, S.J.; Russ, J.; Maixner, F.; Rota-Stabelli, O.; Segata, N.; Reinhard, K.; Orozco, L.; Warinner, C.; Snow, M.; Leblanc, S.; Kostic, A.D.
Phylogenomics of opsin genes in Diptera reveals lineage-specific events and contrasting evolutionary dynamics in Anopheles and Drosophila
2021-01-01 Feuda, R.; Goulty, M.; Zadra, N.; Gasparetti, T.; Rosato, E.; Pisani, D.; Rizzoli, A.; Segata, N.; Ometto, L.; Rota Stabelli, O.
Metagenomic analysis of ancient dental calculus reveals unexplored diversity of oral archaeal Methanobrevibacter
2021-01-01 Granehäll, L.; Huang, K.D.; Tett, A.; Manghi, P.; Paladin, A.; O'Sullivan, N.; Rota-Stabelli, O.; Segata, N.; Zink, A.; Maixner, F.
Integrating taxonomic, functional, and strain-level profiling of diverse microbial communities with bioBakery 3
2021-01-01 Beghini, F.; Mciver, L.J.; Blanco-Míguez, A.; Dubois, L.; Asnicar, F.; Maharjan, S.; Mailyan, A.; Manghi, P.; Scholz, M.; Thomas, A.M.; Valles-Colomer, M.; Weingart, G.; Zhang, Y.; Zolfo, M.; Huttenhower, C.; Franzosa, E.A.; Segata, N.
Hallstatt miners consumed blue cheese and beer during the Iron Age and retained a non-Westernized gut microbiome until the Baroque period
2021-01-01 Maixner, F.; Sarhan, M.S.; Huang, K.D.; Tett, A.; Schoenafinger, A.; Zingale, S.; Blanco-Míguez, A.; Manghi, P.; Cemper-Kiesslich, J.; Rosendahl, W.; Kusebauch, U.; Morrone, S.R.; Hoopmann, M.R.; Rota-Stabelli, O.; Rattei, T.; Moritz, R.L.; Oeggl, K.; Segata, N.; Zink, A.; Reschreiter, H.; Kowarik, K.
On the origin and propagation of the COVID-19 outbreak in the Italian Province of Trento, a tourist region of Northern Italy
2022-01-01 Bianco, L.; Moser, M.; Silverj, A.; Micheletti, D.; Lorenzin, G.; Collini, L.; Barbareschi, M.; Lanzafame, P.; Segata, N.; Pindo, M.; Franceschi, P.; Rota-Stabelli, O.; Rizzoli, A.; Fontana, P.; Donati, C.
Epidemiological and evolutionary analysis of West Nile Virus lineage 2 in Italy
2023-01-01 Mencattelli, G.; Silverj, A.; Iapaolo, F.; Ippoliti, C.; Teodori, L.; Gennaro, A.D.; Curini, V.; Candeloro, L.; Conte, A.; Polci, A.; Morelli, D.; Perrotta, M.G.; Marini, G.; Rosa', R.; Monaco, F.; Segata, N.; Rizzoli, A.; Rota-Stabelli, O.; Savini, G.; West Nile working group, N.
Spatial and temporal dynamics of West Nile virus between Africa and Europe
2023-10-13 Mencattelli, G.; Ndione, M.H.D.; Silverj, A.; Diagne, M.M.; Curini, V.; Teodori, L.; Di Domenico, M.; Mbaye, R.; Leone, A.; Marcacci, M.; Gaye, A.; Ndiaye, E.; Diallo, D.; Ancora, M.; Secondini, B.; Di Lollo, V.; Mangone, I.; Bucciacchio, A.; Polci, A.; Marini, G.; Rosa', R.; Segata, N.; Fall, G.; Cammà, C.; Monaco, F.; Diallo, M.; Rota-Stabelli, O.; Faye, O.; Rizzoli, A.; Savini, G.
Class-wide genomic tendency throughout specific extremes in black fungi
In corso di stampa Coleine, C.; Kurbessoian, T.; Calia, G.; Delgado-Baquerizo, M.; Cestaro, A.; Pindo, M.; Armanini, F.; Asnicar, F.; Isola, D.; Segata, N.; Donati, C.; Stajich, J.E.; de Hoog, S.; Selbmann, L.
| Data di pubblicazione | Titolo | Autore(i) | Tipo | File |
|---|---|---|---|---|
| 1-gen-2015 | MetaPhlAn2 for enhanced metagenomic taxonomic profiling | Truong, D.T.; Franzosa, E.A.; Tickle, T.L.; Scholz, M.; Weingart, G.; Pasolli, E.; Tett, A.; Huttenhower, C.; Segata, N. | Articolo in rivista | |
| 1-gen-2016 | Metagenomic Sequencing with Strain-Level Resolution Implicates Uropathogenic E. coli in Necrotizing Enterocolitis and Mortality in Preterm Infants | Ward, D.V.; Scholz, M.; Zolfo, M.; Taft, D.H.; Schibler, K.R.; Tett, A.; Segata, N.; Morrow, A.L. | Articolo in rivista | |
| 1-gen-2016 | Strain-level microbial epidemiology and population genomics from shotgun metagenomics | Scholz, M.; Ward, D.V.; Pasolli, E.; Tolio, T.; Zolfo, M.; Asnicar, F.; Truong, D.T.; Tett, A.; Morrow, A.L.; Segata, N. | Articolo in rivista | |
| 1-gen-2018 | Draft genome sequences of novel Pseudomonas, Flavobacterium, and Sediminibacterium species strains from a freshwater ecosystem | Pinto, F.; Tett, A.; Armanini, F.; Asnicar, F.; Boscaini, A.; Pasolli, E.; Zolfo, M.; Donati, C.; Salmaso, N.; Segata, N. | Articolo in rivista | |
| 1-gen-2019 | The Prevotella copri complex comprises four distinct clades underrepresented in westernized populations | Tett, A.; Huang, K.; Asnicar, F.; Fehlner-Peach, H.; Pasolli, E.; Karcher, N.; Armanini, F.; Manghi, P.; Bonham, K.; Zolfo, M.; De Filippis, F.; Magnabosco, C.; Bonneau, R.; Lusingu, J.; Amuasi, J.; Reinhard, K.; Rattei, T.; Boulund, F.; Engstrand, L.; Zink, A.; Collado, M.C.; Littman, D.R.; Eibach, D.; Ercolini, D.; Rota-Stabelli, O.; Huttenhower, C.; Maixner, F.; Segata, N. | Articolo in rivista | |
| 1-gen-2021 | Reconstruction of ancient microbial genomes from the human gut | Wibowo, M.C.; Yang, Z.; Borry, M.; Hübner, A.; Huang, K.D.; Tierney, B.T.; Zimmerman, S.; Barajas-Olmos, F.; Contreras-Cubas, C.; García-Ortiz, H.; Martínez-Hernández, A.; Luber, J.M.; Kirstahler, P.; Blohm, T.; Smiley, F.E.; Arnold, R.; Ballal, S.A.; Pamp, S.J.; Russ, J.; Maixner, F.; Rota-Stabelli, O.; Segata, N.; Reinhard, K.; Orozco, L.; Warinner, C.; Snow, M.; Leblanc, S.; Kostic, A.D. | Articolo in rivista | |
| 1-gen-2021 | Phylogenomics of opsin genes in Diptera reveals lineage-specific events and contrasting evolutionary dynamics in Anopheles and Drosophila | Feuda, R.; Goulty, M.; Zadra, N.; Gasparetti, T.; Rosato, E.; Pisani, D.; Rizzoli, A.; Segata, N.; Ometto, L.; Rota Stabelli, O. | Articolo in rivista | |
| 1-gen-2021 | Metagenomic analysis of ancient dental calculus reveals unexplored diversity of oral archaeal Methanobrevibacter | Granehäll, L.; Huang, K.D.; Tett, A.; Manghi, P.; Paladin, A.; O'Sullivan, N.; Rota-Stabelli, O.; Segata, N.; Zink, A.; Maixner, F. | Articolo in rivista | |
| 1-gen-2021 | Integrating taxonomic, functional, and strain-level profiling of diverse microbial communities with bioBakery 3 | Beghini, F.; Mciver, L.J.; Blanco-Míguez, A.; Dubois, L.; Asnicar, F.; Maharjan, S.; Mailyan, A.; Manghi, P.; Scholz, M.; Thomas, A.M.; Valles-Colomer, M.; Weingart, G.; Zhang, Y.; Zolfo, M.; Huttenhower, C.; Franzosa, E.A.; Segata, N. | Articolo in rivista | |
| 1-gen-2021 | Hallstatt miners consumed blue cheese and beer during the Iron Age and retained a non-Westernized gut microbiome until the Baroque period | Maixner, F.; Sarhan, M.S.; Huang, K.D.; Tett, A.; Schoenafinger, A.; Zingale, S.; Blanco-Míguez, A.; Manghi, P.; Cemper-Kiesslich, J.; Rosendahl, W.; Kusebauch, U.; Morrone, S.R.; Hoopmann, M.R.; Rota-Stabelli, O.; Rattei, T.; Moritz, R.L.; Oeggl, K.; Segata, N.; Zink, A.; Reschreiter, H.; Kowarik, K. | Articolo in rivista | |
| 1-gen-2022 | On the origin and propagation of the COVID-19 outbreak in the Italian Province of Trento, a tourist region of Northern Italy | Bianco, L.; Moser, M.; Silverj, A.; Micheletti, D.; Lorenzin, G.; Collini, L.; Barbareschi, M.; Lanzafame, P.; Segata, N.; Pindo, M.; Franceschi, P.; Rota-Stabelli, O.; Rizzoli, A.; Fontana, P.; Donati, C. | Articolo in rivista | |
| 1-gen-2023 | Epidemiological and evolutionary analysis of West Nile Virus lineage 2 in Italy | Mencattelli, G.; Silverj, A.; Iapaolo, F.; Ippoliti, C.; Teodori, L.; Gennaro, A.D.; Curini, V.; Candeloro, L.; Conte, A.; Polci, A.; Morelli, D.; Perrotta, M.G.; Marini, G.; Rosa', R.; Monaco, F.; Segata, N.; Rizzoli, A.; Rota-Stabelli, O.; Savini, G.; West Nile working group, N. | - | |
| 13-ott-2023 | Spatial and temporal dynamics of West Nile virus between Africa and Europe | Mencattelli, G.; Ndione, M.H.D.; Silverj, A.; Diagne, M.M.; Curini, V.; Teodori, L.; Di Domenico, M.; Mbaye, R.; Leone, A.; Marcacci, M.; Gaye, A.; Ndiaye, E.; Diallo, D.; Ancora, M.; Secondini, B.; Di Lollo, V.; Mangone, I.; Bucciacchio, A.; Polci, A.; Marini, G.; Rosa', R.; Segata, N.; Fall, G.; Cammà, C.; Monaco, F.; Diallo, M.; Rota-Stabelli, O.; Faye, O.; Rizzoli, A.; Savini, G. | - | |
| In corso di stampa | Class-wide genomic tendency throughout specific extremes in black fungi | Coleine, C.; Kurbessoian, T.; Calia, G.; Delgado-Baquerizo, M.; Cestaro, A.; Pindo, M.; Armanini, F.; Asnicar, F.; Isola, D.; Segata, N.; Donati, C.; Stajich, J.E.; de Hoog, S.; Selbmann, L. | - |
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